藥浴療法是在中醫理論指導下進行的，因此，運用藥浴療法必須重視中醫辨證論治的原則。如病屬陽證、熱證宜選用清熱解毒、瀉火消腫的方藥，如病屬陰證、寒證則宜選用溫經散寒、行氣止痛的方藥，如病屬表證宜選用祛風解表的方藥。同時還應根據病變部位確定藥浴方法，如面部疾患宜選熏洗法，四肢疾患宜選浸洗法，軀干部疾患宜選淋洗法等，陰部疾患宜選熏洗法、沖洗法等。
冬季藥浴時應注意保暖，夏季要避風。全身熏洗后皮膚血管擴張，血液循環旺盛，全身溫熱出汗，必須等待汗干，穿好衣服后再外出，以免感受風寒。
藥物溫度要適宜，不可太熱，以免燙傷皮膚，也不可太涼，以免產生不良刺激。如果藥浴時間較久而藥湯稍涼時，可再加熱，以便持續溫洗。夏季煎湯時不能放置過夜，最好用現煎的新鮮藥湯，以免發霉變質，影響治療效果，發生不良反應。
藥浴前最好排除大小便。在藥浴過程中如患者感到頭暈等不適，應停止藥浴，臥床休息。如藥浴無效或病情反而加重者則應停止藥浴，改用其他方法治療。
凡患有急性傳染病、重癥心臟病、高血壓病等癥時忌用藥浴療法。婦女妊娠期及行經期不宜進行藥浴療法，體質過度虛弱、疲勞或饑餓者不宜藥浴。
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