孫一奎，字文垣，號東宿，別號生生子;生于明嘉靖十七年(1538)，卒于明萬歷二十八年(1600);明代徽州休寧(今安徽省休寧縣)人;明代著名醫家，著有《赤水玄珠》30卷，《醫旨緒余》2卷，《孫氏醫案》5卷，后來合稱為《赤水玄珠全集》。孫一奎為明初醫家汪機的再傳弟子，學術上擅長溫補，是新安醫學與明代溫補學派的代表人物。因學養深厚、醫效顯著，故時人以“此日孫思邈，醫功更有神”予以贊譽。
一、學術特色
1、倡醫易同源
孫一奎出身于儒學世家，自幼研讀《易經》，且對易學有極深的造詣。孫一奎特別重視易學思想對醫學理論的認識，嘗試援易論醫。在其著作《醫旨緒余》中，通篇結合易學原理與理學觀點，對醫學理論進行新的闡發。孫一奎還在書中立有“不知《易》者不足以言太醫論”一篇，極力言醫易相通之理。其日：“深于《易》者，必善于醫。精于醫者，必由通于《易》。術業有專攻，而理無二致也……故曰：不知《易》者，不足以言太醫。”是“醫易同源”之說的首倡者。
2、人身內景說
中醫的解剖學，可以追溯到《內經》之前的先秦時期，到了明代，各家分流的趨勢明顯，理論探索與學術爭鳴之風日盛，客觀上推動了藏象學大發展。而解剖學作為藏象學的理論基礎，在這一時期也受到了相當的重視，尤其是對人體臟腑形態結構的認識，得到了當時醫家的普遍關注。
孫一奎非常重視人身內景的研究，他提出：“醫要先識人身內景，臟腑形質，手足經上下，宗氣、營氣、衛氣，呼吸出納，三焦始終，及各經表里、陰陽、金、木、水、火、土，部位、配合、命名之義，上下不得錯綜，一經不得兩配。”(《赤水玄珠·凡例》)若醫家“內景不明，辭書不究，局局然守草根、樹皮之末方”則是舍本求末，必然會導致“左右抵牾”、自相矛盾的結果。為此，孫一奎在其著作《醫旨緒余》中專門立有《人身內景說》一篇，解說人身之臟腑官竅甚為明晰。同時，其更為重視且有所闡發的命門、三焦、包絡、相火及手足經配合等理論，更是另立篇章詳加論述。
3、命門動氣學說
孫一奎最為重要的理論建樹，是首創“命門動氣”學說。關于命門問題，至明代，已逐漸成為醫學研究的熱點之一。孫一奎上承金元醫家思想，提出“命門動氣”學說，極富新義并具有非常重要的理論價值。
孫一奎指出命門動氣即是人身之原氣(元氣)，也是人身之太極所在。此原氣本身即為太極之體，因其具有“生生不息”的性質，故名“動氣”，此為太極之用，而兩腎則為“太極之體”之所在。因此，孫一奎又參照太極圖的形式做命門太極圖，并注明“此中間動氣即太極也”。由于“動氣”屬陽，兩腎屬陰之靜，陰陽動靜相合，而生成其他五臟。在此，孫一奎已將命門動氣看做是人體生命的來源，是得以生成五臟六腑的根本所在。故日：“命門乃兩腎中間之動氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先天之太極。五行由此而生，臟腑以繼而成。”(《醫旨緒余·命門圖說》)
4、辨三焦與心包絡
關于三焦，《內經》《難經》以降，歷來爭議頗多。孫一奎以《靈樞》《素問》為宗，反駁馬蒔在《難經正義》中有關三焦的認識，全面闡述了他對三焦的理解，對后世具有較大的影響。
關于三焦與包絡的關系，孫一奎提出“三焦為氣父，包絡為血母”的觀點。所謂氣父、血母是從心、肺而來。心主血，肺主氣，二臟皆居膈上，而三焦(上焦)、包絡皆處膻中，故有此說。手少陽三焦之脈布膻中，散絡心包;手厥陰心主之脈出屬心包絡，下膈歷絡三焦，因其脈上下交絡之故。又二者皆屬手經，均屬相火，所以，以類相從，互為表里。由此，孫一奎提出“三焦為氣父。是心主之表;心包絡為血母，是三焦之里”(《醫旨緒余·難經正義·三焦評》)。然而，由于“臟有聲色臭味，腑有出納受盛”，而三焦、包絡二經俱無，因此終歸與其他五臟五腑不同，雖是表里，卻并不能稱為“臟腑”。故日：“心包非臟也，三焦非腑也。”
5、論天人君相之火
相火之說出自《內經》，在金元之后逐漸為眾多醫家所關注。然而由于各家理解不同，相火的概念始終未得以確切的解釋，如有以陰火為相火者，有以五志之火為相火者。而朱丹溪則又以龍雷之火為相火，并說君火為人火，相火為天火。孫一奎認為以上諸說皆非，他從辨析朱丹溪之論人手闡發自己的觀點。
孫一奎認為，君火猶君主，應君之德，雖屬火而至尊而無為，惟正火之名;相火猶宰相，奉行君命，守其位而司其職。故《內經》曰“君火以明(名)，相火以位”。故君火在人身之中即為心火，乃人體之主宰，而相火則為包絡、三焦之火，是維持人體正常生命活動的動力，二者是相輔相成而不可偏廢的。
6、論呼吸與氣化
孫一奎在其命門學說中曾提出，命門所藏之腎間動氣為人之“生生不息之根”。因此，他對呼吸功能也格外重視，尤其強調腎主納氣的作用。
二、主要著作
孫一奎現存醫學著作，有《赤水玄珠》30卷、《醫旨緒余》2卷、《孫氏醫案》5卷，三書合稱《赤水玄珠全集》，又名《孫氏醫書三種》，首次刊行于明萬歷十二年( 1584 )。另有《正脈啟蒙》《本草刊偽》等書未能刊行。
(1)《赤水玄珠全集》
《赤水玄珠全集》，又名《孫氏醫書三種》，孫一奎撰。刊于萬歷十二年(1584)。現存刻本有明副本、四庫全書本、1914年上海著易堂書局鉛印本、1986年人民衛生出版社點校本等10多種。
1、《赤水玄珠》
《赤水玄珠》是孫一奎的主要代表作，是其集三十年研究心得與臨床經驗所作。全書30卷，詳盡地論述了內、外、婦、兒各科常見病、多發病的病因病機、證候表現、治療方法、處方用藥等內容。《四庫全書總目提要》
稱：“于寒熱虛實表里氣血八者，諄諄致意，其辨古今病證名稱相混之處，尤為清晰。¨
《赤水玄珠》全書共30卷，總計130余萬字。全書第一至十九卷主要為內科(包含五官、咽喉等科的內容)，包括風、瘟疫、火熱、暑、濕、燥、寒、頭痛、面、目、鼻、耳、口、舌、齒、咽喉、腹痛、脅痛、心痛、嘔吐噦、腰痛、水腫、脹滿、痞氣、吐酸、停飲、痰飲、怔忡驚悸、咳嗽、喘、哮、瘧、泄瀉、痢、氣、血、虛怯虛損癆瘵、郁證、痿證、腳氣、白濁、夢遺、汗、消瘴、痹、內傷、積聚、癲狂癇、顫振、瘛疭、痘、不得臥多臥、煩躁、健忘、癃、遺溺、脫肛、前陰諸疾、疝氣、霍亂、中惡客忤、咳逆、噫、下氣、嘈雜、眩暈、喑、疸、厥證、傷寒等70余門，涵蓋了幾乎內科所有病證;第二十至二十四卷為婦科，雖并未分門，但也依照
經、帶、胎、產及婦人雜病的順序全面論述婦科內容;第二十五至二十八卷為幼科，其中第二十五、二十六兩卷立有初誕、脫肛、哮喘、咳嗽、吐瀉、癖、淋、遺尿、外腎光腫、痢、瘧、吃泥、吃生米、耳、龜胸龜背、
蟲、疳、癇18門，分述小兒諸病;第二十七、二十八兩卷則為孫氏所著《痘疹心印》一書，專述小兒痘疹的辨治法則;第二十九、三十兩卷為外科門，論述外科諸病的診療。
2、《醫旨緒余》
《醫旨緒余》2卷，計78篇，上卷45篇，下卷33篇。《醫旨緒余》主要匯集了孫一奎對醫學的思考與見解，是一本理論性很強的醫論著作，也是孫一奎學術思想的集中體現。全書集諸家之說，主要論述太極、陰陽、五行、臟腑氣血、三焦包絡、命門相火、經絡腧穴、疾病診斷及內傷雜病等問題，書中結合易學原理與理學觀點，對命門、相火、氣、火等醫學理論做出新的闡發，并有對痰證診斷與治療，咳、喘、哮等病證的鑒別，對張仲景等醫家及其著述的評價等內容，均匯集其學醫之體會、見解，內容頗多可取，充分體現了孫一奎的主要學術思想。
3、《孫氏醫案》
《孫氏醫案》(又稱《生生子醫案》《孫文垣醫案》)5卷，由其子朋來、泰來及門人余煌、徐景奇等人選編而成，內含《三吳醫案》2卷、《新都醫案》2卷、《宜興醫案》1卷，計398案。內容以地名匯集，依時間先后為序，涉及溫熱時疫、內科雜癥、婦人胎產、幼童蟲麻以及耳目諸疾。孫氏醫案辨證精詳，立法得當，遣藥合理，療效突出，尤其在診病時注意詢問病史，分析脈證不落常套，有著極高的臨床參考價值。
(2)其他著作
孫一奎尚有《痘疹心印》2卷，是其搜集大量痘疹方書，“節錄各家成法，參以己意，會而同之”(《痘疹心印·小引》)，詳細記述了小兒痘疹的各種診斷與治療方法。本書成書于明萬歷丁酉年( 1597)，后并人《赤水玄珠》一書中，為其第二十七、二十八卷“痘疹門”。
此外，據張一群先生考證徐顯卿所撰《文垣孫君墓志銘》載：“其所著述甚具，若《醫旨緒余》，載命門之說、相火之辨，正朱彥修之訛，最所獨得。其博綜見《赤水玄珠》。其治病以意應機，載歷驗醫案。其未梓行者有《正脈啟蒙》《本草刊偽》等尚多。”可知孫一奎尚有《正脈啟蒙》《本草刊偽》等書未能刊行，今已湮滅在歷史的長河中。
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